Pasi zgjidhin me sukses rastin më të madh në historinë e Zootropolis, Xhudi dhe Nik përballen me një sfidë të re: mbërritja e një zvarraniku misterioz – Gjarprit Geri – në qytet e prish qetësinë e  rutinës të tyre të përditshme.

Kur fati i specieve shtazore të metropolit është në rrezik, dyshja e fshehtë duhet të hyjë në pjesë të panjohura të qytetit dhe të përballet me kërcënimin. Gjatë kësaj kohe, partneriteti i tyre, i cili deri në atë çast ishte cilësuar si i guximshëm dhe optimist, do të testohet më shumë se kurrë.