Arneni është një specie indigjene e pishës pesë gjemboreme vjetërsi terciare,e cila rritet vetëm në disa male të Gadishullit Ballkanik, kurse në malin e Pelisterit arrin optimumin e tij ekologjik në zhvillim. Përkatësisht, arneni në Pelister rritet nga 35-40 metra në lartësi, dhe 1.5 m në diametër.

Gjysma e vegjetacionit totale malore në Maqedoni gjendet në pjesën e lartë malore të parkut. Bimët më të rëndësishme endemike janë : Shafrani i Pelisterit (Crocus peristericus), karafili i shtrirë ( Dianthus myrtinervius ), burbulli oktopod ( Sempervivum octopodes ), dhe alkemila e Pelisterit (Alchemica pelagica17).